Tukey計畫口頭報告「Machinelearning-based methods to reveal prognosis signatures, model associations of response and gene signatures of cancer, and predict the response of cancer patients to immunotherapy」
- 2022-12-19 (Mon.), 10:30 AM
- Auditorium, B1F, Institute of Statistical Science
- The tea reception will be held at 10:10.
- Dr. Hsuan-Yu Chen, Dr. Shin-Sheng Yuan, Dr. Chen-Hsiang Yeang and Dr. Shwu-Rong Grace Shieh
- Institute of Statistical Science, Academia Sinica
Abstract
在子計畫一中,以一組443例肺癌病人的基因表達微陣列數據,納入所有基因的基因表達進行影像轉換,以卷積神經網路方法,找出肺癌高風險病人基因表達圖譜。結果顯示,在不同模型條件設定下訓練組準確率可達100%,然而驗證組準確率為0.3%-0.76%。子計畫二與四研發了選變數的方法,對十種標靶及化療藥物的預測AUC比最先進的深度學習機器還好(六個藥的測試AUC 0.75~1.0)。對於不符合我們假設的資料集,我們導出了預測閥值,使得七個藥的預測準確度達到0.70~0.93。子計畫三完成了The Cancer Genome Atlas資料之整合分析,發現了癌症中基因體與轉錄體之間數以萬計的關聯,將其組織為階層式的結構,並在數百筆外界資料上驗證了這些關聯。此外,我們也開發了一種演算法,結合單細胞與大量RNA測序資料來評估檢體之轉錄體異質性。現有方法多以單細胞RNA測序資料為基準,估計大量RNA測序資料檢體中族群成分,我們則先從大量RNA測序資料估計族群成分,再於單細胞RNA測序資料中驗證。
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Update:2022-12-19 08:47